1、征收补偿条例理顺了与拆迁有关的法律关系，然而，补偿协议的性质在实践中却引发了争议。法律规定了房屋征收部门与被征收人就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房等事项订立补偿协议。
2、一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提讼。但没有写明提起的诉讼是行政诉讼还是民事诉讼，实践中就产生了一些争议，有的地方作为行政案件受理，有的地方作为民事案件受理。现在面临越来越多这种诉讼，从理论上加以澄清，实践中加以明确，这是非常必要的。