宅基地证登记错误的处理方式如下：
1.宅基地使用权登记错误可以要求进行更改，如果还有争议的可到当地政府进行调解处理或向人民法院起诉。
2.凡权属不清或有争议的承包地应由村、组调查解决后再确权登记。对矛盾纠纷较大，暂不能解决的，划定争议区，查清争议区的位置、面积、形成原因，并登记造册，记录在案，待化解争议后再进行确权公示和登记。
《民法典》第三百六十二条规定，宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。