个税APP可以年中变更公司，只要变更及时（在公司下载员工专项附加扣除信息前三天）一般对个税专项附加扣除没有影响。
个税APP变更公司一般由新的扣缴单位在扣缴客户端软件中新增员工信息，纳税义务人便可在填写完申报信息后指定该公司为扣缴义务人。
如果原公司仍未将人员信息修改为离职状态，用户可以在个税APP上的任职受雇信息中对原公司发起在线申诉，税务机关会将信息反馈给该公司，督促原公司对员工信息进行修改，不再影响个税附加减免权益享受。